1. Единоличным исполнительным органом Центра является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью Центра. Директор Центра назначается  Департаментом на основании трудового договора.

2. Общее руководство Центром осуществляет выборный коллегиальный орган управления – Совет Центра (далее – Совет). Деятельность Совета регламентируется Уставом МОУ Центра «Истоки». Совет формируется из числа работников Центра, учащихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних учащихся. Кандидатуры в члены Совета выдвигаются на соответствующих собраниях коллективов. В Совет могут входить представители органов, осуществляющих управление в сфере образования, представители общественности. В состав Совета по должности входит директор Центра.

3. Коллегиальный орган управления, в состав которого входят все работники, для которых МОУ Центр «Истоки» является основным местом работы – Общее собрание работников МОУ Центра «Истоки».

4. Педагогический совет МОУ Центра «Истоки» является коллегиальным органом управления, осуществляющим организацию образовательного процесса. В состав Педагогического совета входят директор Центра, его заместители, все педагогические работники Центра. В работе Педагогического совета по мере необходимости могут принимать участие представители учредителя, представители иных коллегиальных органов управления Центра, а также учащиеся и их родители (законные представители) с правом совещательного голоса. Председателем Педагогического совета является директор Центра.

МОУ Центр «Истоки» не имеет структурных подразделений.